Brenner s-Kod

link: https://www.eng.famu.fsu.edu/~dommelen/research/nano/brenner/index.html

Inledning

Detta dokument handlar om Brenner kod. Denna kod kan göra klassiska MD-simuleringar. Det har också ett statiskt läge. Det har en ganska komplex representation av hydro-kol potential, samt Lennard-Jones potential. Den här sidan är inte en officiell sida för koden.

Den ursprungliga koden kan hittas på här men jag rekommenderar min rättad version som beskrivs i avsnitt 2. Avsnitt 3 har viss information om hur att köra koden med mina förbättringar. Den ursprungliga koden kommer med README-filer.

Buggfixar

Jag fixade och gjorde inte åtgärda olika fel kod och kod awkwardnesses. En beskrivning är här.

Rekommenderas för Användning

Jag gjorde några mycket grundläggande förbättringar för att den kod som jag rekommenderar. En beskrivning av de förändringar som kan hittas på här

Du vill att notera några viktiga filer:

main.f
huvudprogrammet. På Unix-eller Linux, kan det nu vara som sammanställs med användning av g77-kompilator. Göra inte att använda riktiga*4 precision eller några subrutiner kommer att ha betydande avrundningsfel. De Windows-versioner som redan har en redo-att-köra program, main.exe så du behöver inte kompilera om Windows om du gör programmet ändras.
input.d
Basic-program inmatning. En beskrivning av den här filen är här
coord.d
Starta tillstånd av atomer, liksom deras slutliga tillstånd. Observera att Brenner-kod ersätter den ursprungliga cc.d-fil med den slutliga tillstånd av atomer efter simuleringen. I allmänhet, som du vill skapa en säkerhetskopia av cc.d-innan du kör programmet. En beskrivning av cc.d är här. En utgångspunkt cc.d-fil som innehåller en nanotube kan skapas genom att använda make_tube.f-program eller, helst, med hjälp av den kirala program i de verktyg som finns i avsnittet installation. När du använder make_tube, se till att du har tillräckligt med “repeat enheter” för att göra en komplett perioder. Kirala kommer att säkerställa fullständig perioder automatiskt.
parameters.inc
Uppsättningar tillgängliga för lagring. Kan behöva ändras för stora beräkningar. Dessutom, när man använder tajt bindande, NATX kommer att måste vara det faktiska antalet atomer. Efter att ändra denna fil, main.f måste byggas om.
param_mod.f
Ändringar olika program-alternativ.

Efter att ha ändrat något .eller f .inc fil, main.f kommer att behöva byggas om.

Verktyg

Detta är en uppsättning av separata program, inte en del av Brenner-kod, som kan producera och manipulera cc.d-typ-filer, inklusive enkel-och multi-wall nanorör. Mer information finns på här.

Avancerad Information

För mer avancerad användning av Brenner-program, dokumentation om det kan hittas på här.

Installation

För att få programmet fixar, grundläggande förbättringar, och separata verktyg, välj av följande: